2011年7月29日,嘉瑞房地产开发公司作为发包人与兰陵建安公司（承包人）双方签订了《建设工程施工合同》,合同约定价款为7631794.15元;合同价款采用可调价格合同,合同价款调整方法:依据合同价加设计变更经济技术签证,执行全国统一工程量计算规则,采用全国定额标准以及当地省市的估计表与调差文件。合同还对工程量确认、工程进度款支付、材料设备供应、工程变更、竣工验收与结算、违约责任等内容进行了约定。

　　2012年9月,涉案工程验收完毕并交付使用。2013年9月,兰陵建安公司先后制作了多份价格确认函、确认表, 嘉瑞房地产公司加盖了公章。因双方对涉案工程的造价存在争议,嘉瑞房地产公司将兰陵建安公司诉至法院。双方在案件审理过程中,向法院申请鉴定工程造价款，新疆方夏建设工程项目管理有限公司作出鉴定意见书,鉴定意见为: 1.双方无争议部分造价为 8399565.45元; 2.双方有争议部分造价为 855151. 52元。该院将鉴定意见书向双方当事人送达后,兰陵建安公司对鉴定意见无异议,嘉瑞房地产公司对双方有争议部分造价为855151.52元提出异议。一、二审判决认定双方在履行过程中通过往来函件的形式对材料进行变更，属于对合同的实质内容进行变更，故不予支持嘉瑞房地产公司的该部分请求。嘉瑞房地产公司不服上述判决，故向最高院申请再审。

　　1. 兰陵建安公司申请再审称，双方当事人对材料差价以往来函件的方式已确认，应该在结算时计入总工程款，建设部下发的《关于发布2011年下半年昌吉地区建筑安装工程(市政、房屋修缮、园林工程)价格信息的通知》第一条第二、三款对此也有规定，二审判决以材料函是对合同的实质性内容进行变更为由，否定材料函，认定事实和适用法律错误。兰陵建安公司依据《中华人民共和国民事诉讼法》第二百条第二项、第六项、第十一项的规定申请再审，请求二审改判第二项中少判714785.38元；本案诉讼费由嘉瑞房地产公司承担。后兰陵建安公司变更再审请求为：兰陵建安公司依据《中华人民共和国民事诉讼法》第二百条第二项、第六项的规定申请再审，请求二审改判第二项中少判494785.38元；本案诉讼费由嘉瑞房地产公司承担。

　　2.嘉瑞房地产公司辩称，1.案涉材料差价494785.38元已计入工程总造价。双方在备案合同中已对材料价格的调整方式及工程价款的结算进行约定，双方均应严格履约。一、二审判决认定双方在履行过程中通过往来函件的形式对材料进行变更，属于对合同的实质内容进行变更，仍应以中标的备案合同作为结算依据，处理正确。2.兰陵建安公司所建玛纳斯县嘉瑞房产14#、15#住宅楼截止2017年3月30日仍不符合竣工验收的条件，嘉瑞房地产公司不应当结算剩余工程款。3.嘉瑞房地产公司一直在维修楼顶屋面防水，已支付大量的材料及人工费，嘉瑞房地产公司有权扣取工程款的3%保修费用于支付兰陵建安公司应该支付的维修费用。4.嘉瑞房地产公司以一辆车抵工程款500000元，车辆已交付，该款应计入已付工程款中。综上，请求驳回兰陵建安公司的再审申请。

　　最高法院再审认为，本案争议的焦点问题是：二审判决未将材料差价计入工程总造价是否正确。

　　兰陵建安公司和嘉瑞房地产公司共同确认的材料价格确认函是双方在履行合同中对价格进行调整的来往函件，内容符合案涉合同约定，该确认函应具备与合同同等的法律效力，属合同的一部分，不构成对合同内容的实质性变更。二审判决认定该确认函属于对合同的实质性内容进行变更，缺乏证据证明。

　　《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二条规定，当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。经查，双方签订《建设工程施工合同》并对该合同进行备案后，在实际履行合同过程中并未另行签订合同；双方虽就材料调整形成了材料价格确认函，但如上文所述，该函与备案合同具有同等法律效力，属合同的一部分，并不构成对备案合同的实质性变更。亦即，本案实际情况并不符合上述司法解释规定的情形，二审判决适用上述司法解释规定，认定材料价格确认函构成对备案合同实质性变更，并排除该函记载内容所包含的材料差价部分计入工程造价，属适用法律错误，本院予以纠正。

　　1.撤销新疆尔自治区高级人民法院(2016)新民终445号民事判决及新疆尔自治区昌吉回族自治州中级人民法院（2015）昌中民一初字第54号民事判决；

　　2.兰陵县建筑安装工程总公司于本判决生效之日起十五日内向阿勒泰嘉瑞房地产开发有限责任公司交付施工资料（以建设主管部门规定施工方须交付的资料为准）；

　　3.阿勒泰嘉瑞房地产开发有限责任公司于本判决生效之日起十五日内向兰陵县建筑安装工程总公司支付工程款1219481.52元；

　　《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二条规定：招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容，与中标合同不一致，一方当事人请求按照中标合同确定权利义务的，人民法院应予支持。招标人和中标人在中标合同之外就明显高于市场价格购买承建房产、无偿建设住房配套设施、让利、向建设单位捐赠财物等另行签订合同，变相降低工程价款，一方当事人以该合同背离中标合同实质性内容为由请求确认无效的，人民法院应予支持。

　　《招标投标法》规定的招标投标程序，既是为了保证招标人能够通过招标投标程序确定理想的中标人，也是为了保证竞标人之间存在一个公开、公正、公平的竞争环境。如果允许招标人和中标人可以再行订立背离合同实质性内容的其他协议，则违背了招标投标制度的初衷，整个招标过程也就失去了意义，对参与招标投标的其他竞标人有失公平。所以法律不得不禁止这类行为的存在。基于这一点考虑，招标人和中标人另行签订的协议中改变双方根据招标文件和投标文件所订立的书面合同的内容是否属于背离合同实质性内容，取决于这些改变是否足以影响其他竞标人能够中标或者以何种条件中标。凡是排除其他投标人中标的可能或者提高其他投标人中标条件的内容，都构成《招标投标法》第四十六条第一款中的“实质性内容”。

　　招标人与中标人另行订立其他协议时，如果较大地改变了双方的权利义务关系，则构成背离合同的“实质性内容”。招标人与中标人就建设工程施工所享有的权利义务体现在招标文件、中标文件、中标通知书及以合同书形式出现的《建设工程施工合同》之中，虽然依据合同法律制度规定，当事人享有变更合同之权利，但这种变更受制于招标投标文件及《建设工程施工合同》。实务中，在招标投标程序之后，双方订立背离合同实质性内容的其他协议，构成《招标投标法》第四十六条第一款中的“实质性内容”。